对于一个文件来说，PDP 最基础的用法，就是根据文件内容生成对应的 TAG，然后把文件发送到另一个环境里。接着用保存下来的 TAG 验证对方是否真的储存了文件。如果对方没有储存文件，是不可能通过第一次验证的。在接下来的验证中。因为挑战是随机生成的，会选择文件不同位置的片段，能在概率上提高验证的可靠性。
所以这样的用法，至少能够证明文件储存在对方环境中过。但是这样的证明方式存在疏漏，就是文件不需要完整，或者说缺少对文件完整性的证明。如果文件非常大，而挑战的数量一般是固定的，文件越大，挑战越不全面。虽然挑战的文件片段是随机的，仍然存在可能性，对方不需要完整的文件，而只需要文件的一部分，2/3、1/2、1/3，就足以完成挑战了。
要让 PDP 能够证明文件的完整性，可以把 PDP 证明和 Merkle 树的数据结构结合起来。PDP 证明一般需要把文件拆分成数据片段，根据数据片段生成 TAG，并不强调数据片段的序列化方式。
和 Merkle 树结合的地方，就是在把文件拆分为数据片段之后，把数据片段序列化到 Merkle 树中。由于 Merkle 树的特性，父节点的值需要依赖子节点的值才能够推算出来，如果验证了父节点是正确的，就足以说明子节点是全部存在的，也就间接证明了文件的完整性。
在实际的使用中，往往抽取 Merkle 树的一些节点，对 Merkle 节点的路径进行验证。也是验证 Merkle 树完整性的一般方法。在使用了 Merkle 树作为文件的数据结构，并且在验证 PDP 证明的同时验证 Merkle 树的完整性，就能确保文件是完整存在了。
Merkle 树的验证覆盖率也不可能 100%，但通常认为，伪造 Merkle 树节点的成本比真正保留了完整数据的成本还要高。
PDP 证明本身不包含文件的元信息，它只能证明文件是存在的、文件是完整的，至于是什么样的文件，文件名是什么、文件类型是什么、文件有多大，一概不知。PDP 的证明信息里不包含文件的元信息，而元信息中比较有用的是文件的大小信息。PDP 不是区块链时代的技术，也就没怎么关心这个问题。
有的区块链用磁盘空间的大小来描述节点的算力，或者根据文件大小来让使用者付费，或者根据储存的文件大小来给予存储节点奖励，这些都意味着文件大小的信息至关重要。
那么，对于文件的元信息缺失的问题，一种做法是在 PDP 证明系统之外，将元信息与文件数据关联起来。另一种做法是，对文件进行修改，将元信息附加到文件数据里，只要证明文件数据的完整，就能够确认文件元信息的准确。
然而，无论哪种方式，都不能保证文件元信息的可靠。在区块链的场景下，信任模型发生了一些变化，和 PDP 要解决的问题存在差异。以前的 PDP 是让用户相信存储节点，而现在，是让区块链来相信存储节点。
第一种方式需要额外的机制保证元信息和文件数据之间的映射关系，这会带来很大的开销。第二种方式在实现上是简便的，问题在于将元信息附加到文件数据的步骤，由谁来完成？是可信的吗？如果恶意附加了错误的信息呢？另外，怎么读取这些元信息？要把文件数据或者一部分文件数据下载下来？下载的信息还不能保证是正确的？
总之，在加密学的范畴里，PDP 并不能解决对文件大小的证明。
PDP 证明需要不断地发起挑战请求，对方能够完成挑战则说明文件安好。比如现在发起一次挑战，一个小时之后又发起一次挑战，至少能够说明对方在完成挑战的时刻，文件是完整存在的。那在没有进行挑战的时间呢？没有限制。
如果在第一次完成挑战后，就把文件转移到了另外一个地方，等第二次挑战的时候，再把文件拿过来完成挑战，这完全是可以的。PDP 并不也没有能力阻止这样的情况。PDP 无法对文件的持续性提供证明。
这样的能力限制会对区块链造成什么样的影响呢，首先能想到的就是算力换空间。因为在有些区块链的规则里，文件越大，矿工的收益越高。矿工完全可以利用 PDP 的证明间隔，把空间腾给其他文件用，用磁盘的 IO 换取磁盘空间大小。
再就是证明成本的提高。挑战越频繁，文件越安全，这对寻求证明的一方是一种压力。
PDP 自然也不具备证明文件有多个副本的能力。如果需要对方存 2 个副本，而对方实际上只存了 1 份，对于 PDP 是没有任何感知的，这很容易理解。
如果想分散文件损失的风险，把文件存到了不同地方，在使用 PDP 作为验证手段的情况下，是无法达到目的的。